Može li se ručna radna stanica PCR ili qPCR koristiti za ugniježđenu PCR?
Ugriženi PCR snažna je tehnika u molekularnoj biologiji koja povećava specifičnost i osjetljivost PCR pojačanja. Uključuje dva kruga reakcija PCR -a, pri čemu su primeri korišteni u drugom okruglom žaru na sekvence unutar proizvoda prvog kruga. Kao dobavljač ručnih radnih stanica PCR ili QPCR, često primam upita o prikladnosti naših radnih stanica za ugniježđene PCR. U ovom postu na blogu istražit ću može li se PCR ili qPCR ručna radna stanica koristiti za ugniježđenu PCR i razgovarati o razmatranjima i prednostima.
Razumijevanje ugniježđenog PCR -a
Uključeni PCR je modifikacija standardne PCR tehnike. U standardnom PCR -u, jedan par prajmera koristi se za pojačavanje određenog fragmenta DNK. Međutim, u ugniježđenom PCR -u, dva seta primera koriste se u dvije uzastopne PCR reakcije. Prvi set primera pojačava veći fragment DNK, a drugi set primera koji se nalaze u prvom amplikonu, pojačava manji, specifičniji fragment. Ovaj postupak dva koraka značajno smanjuje ne -specifično pojačanje i povećava šanse za uspješno pojačavanje ciljanog DNK, posebno kada je cilj prisutan u niskom obilju ili kada postoji visoka pozadina ne -ciljane DNK.
Značajke PCR ili QPCR ručne radne stanice
PCR ili qPCR ručne radne stanice dizajnirane su tako da osiguraju kontrolirano okruženje za izvođenje reakcija PCR i QPCR. Ove radne stanice obično imaju značajke kao što su čista klupa kako bi se spriječilo kontaminaciju, podesive stanice za pipeti za točno distribucija reagensa i blok koji se kontrolira temperaturom za PCR biciklizam.
Čista klupa u ručnoj radnoj stanici opremljena je HEPA filtrima koji uklanjaju čestice i mikroorganizme u zraku, što je ključno za ugniježđenu PCR jer kontaminacija može dovesti do lažno pozitivnih rezultata. Podesive stanice za pipeti omogućuju precizno mjerenje i prijenos malih količina reagensa, što je ključno i za prvi i drugi krug ugniježđenog PCR -a. Blok kontroliran temperaturom može točno simulirati različite temperaturne cikluse potrebne za PCR, uključujući denaturaciju, žarenje i produženje.
Korištenje PCR ili qPCR ručne radne stanice za ugniježđenu PCR
Da, PCR ili qPCR ručna radna stanica može se učinkovito koristiti za ugniježđenu PCR. Evo kako:
1. Priprema uzorka
Čisto okruženje koje pruža ručna radna stanica idealno je za pripremu uzoraka. Kada radite s ciljanim DNK niskim obiljem u ugniježđenom PCR -u, svaka kontaminacija može poremetiti rezultate. HEPA - filtrirana čista klupa osigurava da su uzorci zaštićeni od vanjskih onečišćenja tijekom ekstrakcije i početnog postavljanja reakcije prvog okruglog PCR -a.
Na primjer, prilikom izdvajanja DNK iz kliničkog uzorka, čisto okruženje radne stanice minimizira rizik od uvođenja DNK ili drugih onečišćenja u okolišu. Podesive stanice za pipeti omogućuju precizno dodavanje reagensa poput pufera za ekstrakciju DNK, enzima i primera, osiguravajući da se prvi okrugli PCR reakcija pravilno postavlja.
2. Prvo - okrugli PCR
Blok koji kontrolira temperaturu u ručnoj radnoj stanici može precizno izvršiti temperaturne cikluse potrebne za prvi okrugli PCR. Korak denaturacije, obično na oko 94 - 98 ° C, korak žarenja (temperatura ovisi o nizovima temeljnih premaza), a korak produženja na 72 ° C može se precizno kontrolirati. Ova točna kontrola temperature ključna je za pravilno pojačavanje većeg fragmenta DNK u prvom okruglom PCR -u.
Stanice za pipeti također igraju vitalnu ulogu u dodavanju odgovarajućih količina DNK, primera, DNTP -a i polimeraze u reakcijsku smjesu. Precizno piptiranje osigurava da su reakcijski uvjeti optimalni za prvo pojačavanje.
3. Drugo - okrugli PCR
Nakon prvog okruglog PCR -a, proizvod se koristi kao predložak za drugi - okrugli PCR. Ručna radna stanica omogućava pažljivo rukovanje prvim okruglim proizvodom kako bi se izbjegla kontaminacija. Stanice za pipeti mogu precizno prenijeti mali volumen prvog - okruglog proizvoda na drugu - okruglu reakcijsku smjesu.
Ponovno kontroliran blok temperature osigurava potrebne temperaturne cikluse za drugi okrugli PCR. Budući da su drugi okrugli primeri ugniježđeni u prvom okruglom amplikonu, temperatura žarenja može biti različita, a ručna radna stanica može se prilagoditi u skladu s tim kako bi se osiguralo specifično pojačavanje manjih, specifičnijih fragmenta DNK.
Prednosti korištenja ručne radne stanice za ugniježđeni PCR
1. Trošak - na snazi
U usporedbi s potpuno automatiziranim radnim stanicama, PCR ili QPCR ručne radne stanice općenito su više troškova. Za laboratorije s ograničenim proračunima ili onima za koje ne zahtijeva visoku propusnost ugniježđenog PCR -a, ručna radna stanica pruža praktično rješenje. Omogućuje visoku kvalitetu ugniježđenog PCR -a bez potrebe za velikim ulaganjem u skupu automatiziranu opremu.
2. Fleksibilnost
Ručne radne stanice nude veću fleksibilnost. Korisnik ima potpunu kontrolu nad postupkom pipetiranja, omogućavajući podešavanja na temelju specifičnih zahtjeva ugniježđenog PCR protokola. Na primjer, ako određeni uzorak zahtijeva različitu koncentraciju prajmera ili modificirani temperaturni profil, korisnik može lako izvršiti te promjene tijekom postavljanja reakcije.
3. Trening i poznavanje
Mnogi laboratorijski tehničari već su upoznati s ručnim tehnikama piptiranja. Korištenje ručne radne stanice za ugniježđeni PCR ne zahtijeva opsežnu obuku o složenim automatiziranim sustavima. Ovo poznavanje može dovesti do učinkovitijeg i preciznijeg izvršenja ugniježđenog PCR protokola.
Razmatranja
Iako se ručna radna stanica PCR ili qPCR može koristiti za ugniježđenu PCR, postoje razmatranja:
1. Vještina operatera
Točnost ugniježđenog PCR -a pomoću ručne radne stanice uglavnom ovisi o vještini operatera. Precizno pipkanje i pažljivo rukovanje uzorcima su presudni. Neadekvatne vještine piptiranja mogu dovesti do netočnih volumena reagensa, što može utjecati na učinkovitost pojačanja i specifičnost ugniježđenog PCR -a.
2. Propusnost
Ručne radne stanice imaju manju propusnost u usporedbi s automatiziranim sustavima. Ako laboratorij treba istovremeno obavljati veliki broj ugniježđenih PCR reakcija, ručna radna stanica možda nije najučinkovitija opcija.
Ostale srodne ručne radne stanice
Uz PCR ili QPCR ručne radne stanice, nudimo i druge vrste ručnih radnih stanica koje bi mogle biti zanimljive. ARučna radna stanica za analizu stanicadizajniran je za testove na bazi stanica i može se koristiti zajedno s ugniježđenim PCR -om prilikom proučavanja ekspresije gena u stanicama. APRCXI radna stanica za pipkutiranjePruža napredne mogućnosti pipetiranja i može biti dragocjen dodatak laboratoriju koji obavlja ugniježđenu PCR. AELISA ručna radna stanicaMože se koristiti za nizvodno analizu ugniježđenih PCR proizvoda, poput otkrivanja prisutnosti specifičnih sekvenci DNK pomoću metoda temeljenih na ELISA.
Zaključak
Zaključno, PCR ili QPCR ručna radna stanica može se učinkovito koristiti za ugniježđenu PCR. Njegovo čisto okruženje, točne mogućnosti pipetiranja i precizna kontrola temperature čine ga prikladnim za sve faze ugniježđenog PCR procesa, od pripreme uzorka do drugog okruglog pojačanja. Učinkovitost troškova, fleksibilnost i jednostavnost korištenja ručnih radnih stanica značajne su prednosti, posebno za manje laboratorije ili one s specifičnim istraživačkim potrebama.
Ako ste zainteresirani da saznate više o našim PCR ili qPCR ručnim radnim stanicama ili imate pitanja o njihovom korištenju za ugniježđeni PCR, potičemo vas da nas kontaktirate radi detaljne rasprave i potencijalne nabave. Naš tim stručnjaka spreman vam je pomoći u pronalaženju najboljeg rješenja za potrebe vašeg laboratorija.
Reference
- Dieffenbach, CW, & Dveksler, GS (1995). PCR temeljni premaz: laboratorijski priručnik. Laboratorij za hladnu proljetnu luku.
- Innis, MA, Gelfand, DH, Sninsky, JJ, & White, TJ (1990). PCR protokoli: vodič za metode i primjene. Akademska tiska.
- Saiki, RK, Gelfand, DH, Stoffel, S., Scharf, SJ, Higuchi, R., Horn, GT, Mullis, KB, & Erlich, Ha (1988). Primer - usmjereno enzimsko pojačanje DNA s termostabilnom DNA polimerazom. Science, 239 (4839), 487 - 491.